个人简介

　　黄晶，1984年生，江西南昌人。清华大学物理系本科(2005)硕士(2007)，瑞士巴塞尔大学化学系博士(2011)，美国马里兰大学药学院(2012-2017)和国立卫生研究院计算生物学实验室(2015-2017)博士后。2017年11月加入西湖大学生命科学学院，组建和领导计算生物物理与药物设计实验室。

学术成果

　　学术上致力于开发生物大分子的计算模型和模拟算法，以提升生物分子动力学模拟和计算机辅助药物设计的精度和效率。其所研发的CHARMM固定电荷和Drude可极化蛋白质分子力场被国际主流学术界广泛使用，而他在可极化分子力场方面的工作正推动整个分子模拟领域向下一代更精准力场的革命性转变。
　　分子力场(Force fields)包含用来描述分子体系势能的经验性函数及其相应参数，是许多使用计算机来研究生物、化学、物理、材料体系的方法的基础；分子力场的精度，决定了这些计算模拟方法所得结果的质量。因此，开发更准确的分子力场对于生物分子建模(biomolecular modeling)、分子动力学模拟(molecular dynamics simulation)、基于结构的药物设计(structure-based drug design)等领域均具有决定性的意义。总的来说，实验室从基本的物理（统计力学、分析力学、量子力学）和化学（生物化学、有机化学）原理出发，利用先进的数值优化和机器学习算法，开发更高精度的分子力场;与此同时，发展和实现新的模拟算法，与所开发的力场相结合，来理解生物物理中的动力学问题，并以此为基础进行创新药物的设计与开发。尤其关注蛋白-蛋白、蛋白-核酸相互作用，针对传统意义上不可成药（undruggable）的靶点来设计药物分子。

代表性论文

1. Francois A. Thelot, Wenyi Zhang, KangKang Song, Chen Xu, Jing Huang, and Maofu Liao*, Distinct Allosteric Mechanisms of First-generation MsbA Inhibitors, Science, 374, 580 (2021)

2. Zhijun Pan, Jing Huang*, and Wei Zhuang*, Protein-Ligand Binding Molecular Details Revealed by Terahertz Optical Kerr Spectroscopy: A Simulation Study, JACS Au, 1, 1788 (2021)

3. You Xu and Jing Huang*, Validating the CHARMM36m Protein Force Field with LJ-PME Reveals Altered Hydrogen Bonding Dynamics under Elevated Pressures, Commun. Chem., 4, 99 (2021)

4. Jian Zhu and Jing Huang*, Methylguanidinium at the Air/Water Interface: A Simulation Study with the Drude Polarizable Force Field, J. Phys. Chem. B, 125, 393 (2021)

5. Jinghui Zhang, Zongyang Qiu, Jiahua Fan, Fang He, Wenyuan Kang, Sihui Yang, Hong-hui Wang*, Jing Huang*, and Zhou Nie*, Scan and Unlock: a Programmable DNA Molecular Automaton for Cell-specific Modulation of a Signaling Ligand-receptor Interaction, Angew. Chem. Int. Ed., 60, 6733 (2021)

6. Shuai Wang^#, Zongyang Qiu^#, Yingnan Hou^#, Xiya Deng^#, Wei Xu^#, Tingting Zheng, Peihan Wu, Shaofang Xie, Weixiang Bian, Chong Zhang, Zewei Sun, Kunpeng Liu, Chao Shan, Aifu Lin, Shibo Jiang, Youhua Xie, Qiang Zhou, Lu Lu*, Jing Huang*, and Xu Li*, AXL is a Candidate Receptor for SARS-CoV-2 that Promotes Infection of Pulmonary and Bronchial Epithelial Cells, Cell Research, 31, 126 (2021)

7. Renhong Yan^#, Yaning Li^#, Yi Shi^#, Jiayao Zhou, Jianlin Lei, Jing Huang*, and Qiang Zhou*, Cryo-EM Structure of the Human Heteromeric Amino Acid Transporter b0,+AT-rBAT, Science Advances, 6, eaay6379 (2020)

8. Ye Ding, You Xu, Cheng Qian, Jinfeng Chen, Jian Zhu, Houhou Huang, Yi Shi, and Jing Huang*, Predicting Partition Coefficients of Drug-like Molecules in the SAMPL6 Challenge with Drude Polarizable Force Fields, J. Comput. Aided Mol. Des., 34, 421 (2020)

9. Jing Huang*, Andrew C. Simmonett, Frank C. Pickard IV, Alexander D. MacKerell Jr., and Bernard R. Brooks, Mapping the Drude Polarizable Force Field onto a Multipole and Induced Dipole Model, J. Chem. Phys., 147, 161702 (2017)

10. Jing Huang, Sarah Rauscher, Grzegorz Nawrocki, Ting Ran, Michael Feig, Bert L. de Groot, Helmut Grubmueller, and Alexander D. MacKerell Jr.*, CHARMM36m: An Improved Force Field for Folded and Intrinsically Disordered Proteins, Nature Methods, 14, 71 (2017)

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