个人简介

　　申恩志，河北秦皇岛人。2014年毕业于中国农业大学/北京生命科学研究所，获生物化学与分子生物学理学博士学位。2015年至2019年在麻省大学医学院RNA治疗研究所、诺贝尔奖得主Craig C. Mello实验室从事博士后研究，并得到Charles King奖学金支持。申恩志博士主要致力于非编码RNA的作用机制和生物学功能研究，曾以第一作者在Cell, Nature, Experimental Cell Research等杂志发表多篇学术论文，于2019年加入西湖大学任研究员，组建非编码核酸生物学实验室。

学术成果和未来研究方向

上世纪末，人类基因组测序计划揭示了巨大的暗物质-非编码RNA，它约占人类转录组的98%，然而其功能未知。之后的研究逐渐揭示出非编码RNA不仅参与生物体的各种基本生命过程，而且与很多重大疾病的发生密切相关。在动物体中，miRNA (microRNA)，siRNA (small interference RNA)，piRNAs（PIWI-interacting small RNAs）是三大类经典的非编码小RNA分子，能与Argonaute蛋白相互作用，形成基因沉默复合物 （RNA-induced silencing complex, RISC），从而在转录和转录后水平上抑制基因转录本的表达。例如，piRNA是一类高度保守、特异表达在动物生殖细胞中的非编码小RNA分子，它们与PIWI Argonaute蛋白相互作用形成基因沉默复合物piRISCs（piRNA-induced silencing complexes），从而抑制基因组移动遗传元件和蛋白编码基因的表达，在动物生殖细胞发育和配子的生成中发挥至关重要作用，并在宿主抵御外源核酸入侵中扮演着核酸免疫系统的角色。
    申恩志课题组致力于系统性研究非编码小RNA分子。申恩志博士近期的研究首次将交联、分子连接和杂合分子测序系统（crosslinking, ligation and sequencing of hybrids）应用到活体动物的生殖系细胞中，直接鉴定出piRNAs结合的靶基因位点，并揭示了piRNAs调节基因表达的规律。该研究为探索piRNAs调节的多种生理功能铺平了道路。例如，piRNA21U-X1通过调节靶基因xol-1，进而改变性别。该工作发表于Cell杂志，并受到Faculty of 1000的推荐和好评。此外，课题组建立了不同非编码小RNA的体外研究体系，首次揭示了piRNA识别和切割靶向RNA的分子作用机理, 为理解piRNA发挥不同生物学功能奠定了分子基础。该工作发表于Nature杂志。
　　本课题组将以线虫和小鼠为模式生物，使用不同的实验手段（分子生物学、生物化学、分析化学、生物信息学、遗传学和结构生物学等）展开以下主要研究（但不限定于）：
　　1. 小RNA信号通路的分子作用机制
　　2. 调控细胞转录组稳定性和特异性的生理学功能
　　3. piRNAs如何影响重大疾病的发生
　　4. 基于小RNA的新型基因调控工具开发

代表论文

1. Zhenzhen Li, Qikui Xu, Yan Zhang, Jing Zhong, Tianxiang Zhang, Junchao Xue, Shuxian Liu, Haishan Gao, Z. Z. Zhao Zhang, Jianping Wu*, En-Zhi Shen*. Mechanistic insights into RNA cleavage by human Argonaute2–siRNA complex. Cell Research, 1-12 (2025)

2. Lili, Li, Xiaoyin Tang, Xuanxuan Guo, Di Rao, Lin Zeng, Junchao Xue, Shuxian Liu, Shikui Tu, En-Zhi Shen. Spatiotemporal single-cell architecture of gene expression in the Caenorhabditis elegans germ cells. Cell Discovery. 11, 26 (2025)

3. Di Rao, Dengfeng Li, Lili Li, Junchao Xue, Shikui Tu, En-Zhi Shen. Argonaute CSR-1A promotes H3K9me3 maintenance to protect somatic development in offspring. Nucleic Acids Research，53(5), 2025, gkaf127

4. Zhiqing Li, Qikui Xu, Jing Zhong, Yan Zhang, Tianxiang Zhang, Xiaoze Ying, Xiaoli Lu, Xiaoyi Li, Li Wan, Junchao Xue, Jing Huang, Ying Zhen, ZZ Zhao Zhang, Jianping Wu*, En-Zhi Shen*. (2024) Structural insights into RNA cleavage by PIWI Argonaute. Nature, 639, 250–259 (2025)  

5. Junchao Xue, Gangming Zhang, En-Zhi Shen, “MicroRNAs unveiled: Nobel recognition of a revolutionary gene regulation mechanism”, hLife, 3, 1-4(2024)

6. Zhiqing Li, Zhenzhen Li, Yuqi Zhang, Lunni Zhou, Qikui Xu, Lili Li, Lin Zeng, Junchao Xue, Huilin Niu, Jing Zhong, Qilu Yu, Dengfeng Li, Miao Gui, Yongping Huang, Shikui Tu, ZZ Zhao Zhang, Chun-Qing Song*, Jianping Wu*, En-Zhi Shen*, “Mammalian PIWI-piRNA-target complexes reveal features for broad and efficient target-silencing”, Nature Structural and Molecular Biology, 31(8):1222-1231(2024)

7. Xin-Yuan Lyu, Yuan Deng, Xiao-Yan Huang, Zhen-Zhen Li, Guo-Qing Fang, Dong Yang, Feng-Liu Wang, Wang Kang, En-Zhi Shen*, Chun-Qing Song*, “CRISPR FISHer enables high-sensitivity imaging of nonrepetitive DNA in living cells through phase separation-mediated signal Amplification”, Cell Research, 32:969–981(2022)

8. Siyuan Dai, Xiaoyin Tang, Lili Li, Takao Ishidate, Ahmet R. Ozturk, Hao Chen, Altair L. Dube, Yong-Hong Yan, Meng-Qiu Dong, En-Zhi Shen*, and Craig C. Mello*, “A family of C. elegans VASA homologs control Argonaute pathway specificity and promote transgenerational silencing”, Cell Reports, 40, 111265 (2022)

9. Zhiqing Li, Xiaoyin Tang, En-Zhi Shen, “How mammalian piRNAs instruct de novo DNA methylation of transposons”, Signal Transduct Target Ther. 5, 190 (2020).

10. En-Zhi Shen, Hao Chen, Ahmet R. Ozturk, Shikui Tu, Masaki Shirayama, Wen Tang, Yue-He Ding, Si-Yuan Dai, Zhiping Weng, Craig C. Mello, “Identification of piRNA binding sites reveals the Argonaute regulatory landscape of the C. elegans germline”, Cell, 172, 1-15 (2018).

11. Wen Tang, Meetu Seth, Shikui Tu, En-Zhi Shen, Qian Li, Masaki Shirayama, Zhiping Weng, Craig C. Mello, “A sex chromosome piRNA promotes robust dosage compensation and sex determination in C. elegans”, Development Cell, 44, 1-9 (2018).

12. Takao Ishidate, Ahmet R. Ozturk, Daniel J. Durning, Rita Sharma, En-Zhi Shen, Hao Chen, Meetu Seth, Masaki Shirayama and Craig C. Mello, “ZNFX-1 functions within perinuclear nuage to balance epigenetic signals”, Molecular Cell, 70, 639-649 (2018).

13. En-Zhi Shen, Chun-Qing Song, Yuan Lin, Wen-Hong Zhang, Pei-Fang Su, Wen-Yuan Liu, Pan Zhang, Jiejia Xu, Na Lin, Cheng Zhan, Xianhua Wang, Yu Shyr, Heping Cheng, Meng-Qiu Dong, “Mitoflash frequency in early adulthood predicts lifespan in Caenorhabditis elegans”, Nature, 508, 128-132 (2014).

联系方式

　　电子邮箱：shenenzhi@westlake.edu.cn
　　本实验室刚刚起步，热烈欢迎有志青年跟我一起探索非编码RNA的奥秘。于2019年开始招收博士生，目前尚有多个副研究员、助理研究员及科研助理职位虚位以待！非常期待你们的加盟！
　　详见西湖大学招生信息：
　　https://www.westlake.edu.cn/admissions_aid/graduate/